Будет ли считаться за прогул.

Это будет не прогул, а однократное нарушение пвтр, уволить "по статье" в данном случае возможно только если имеется непогашенный выговор.
написание заявления на увольнение значения не имеет, поскольку срок предупреждения - 2 недели, если не имеется веских оснований для расторжения трудового договора до истечения двух недель.
а вот что значит "и ушел со стороны работодателя" - для меня загадка.