Я работаю по гражданско-правовому договору. Могу ли я, предупредив начальника, отсутствовать на рабочем месте 3 дня

Отношения, возникшие по договорам гражданско-правового характера ТК РФ ни как не регулируются, т.к. они не являются трудовыми. у вас просто нет начальника, есть заказчик, а вы, как подрядчик обязаны выполнить определенные работы и сдать работу в указанный в договоре срок. а как уж вы эту работу делать будете, это ваше личное дело, хотите всё за один день сделать можете, хотите - на месяц растягивайте.