Может ли работодатель отказывать в увольнении по истечении двух недель с даты написания заявления об увольнении?

Увольнение работника по собственной инициативе не ставится в зависимость от проведения налоговых проверок аудиторских и т.п. Если не уволят обращайтесь сразу в суд с заявлением о обязании расторгнуть ТД, выдать трудовую книжку и взыскания среднего заработка за время вынужденного прогула (это тот случай когда работодатель осуществил задержку выдачи трудовой книжки). Успехов.