Некоммерческая организация заключила срочный договор с сотрудником. по его окончании было сделано доп соглашение о продл

Коммерческая или некоммерческая здесь роли никакой не играет. Трудовой кодекс он действителен для предприятий всех форм собственности. Как я понял, срок срочного трудового договора закончился, администрация никаких действий не произвела и работник дальше работал. То есть в соответствии с требованиями ТК РФ, трудовой договор стал бессрочным.Теперь его увольнение только по сокращению. Можно и по ст.77 ТК РФ, но тогда надо будет выплатить компенсацию.