Платит ли налог 13% работник, который работает по договору, но не по трудовой книжке?

"не по трудовой книжке, а по договору" - это дгпх, к трудовому законодательству это отношения не имеет (ну, если не внешнее совместительство, конечно), значит, работник - совсем не работник, а исполнитель. значит, заказчик может как удерживать ндфл с исполнителя (если тот не ип, конечно), а может подать сведения в налоговую, налоговая уже сама взыщет - эти моменты как раз в договоре и должны указываться. по умолчанию заказчик - налоговый агент, значит, обязан удержать 13% ндфл.