Может ли работник уволиться, если договор был заключен на 3 года, а отработано только 2 года?

Вы вообще о каком договоре?

если о срочном трудовом, то действия работодателя неправомерны.
срочный трудовой договор - это не рабство.
ст. 80 тк рф предусмотрено право работника на увольнение по с. ж. , без оговорок про вид договора.

по логике вашего работодателя, он тоже не может вас уволить еще год? . пейте, гуляйте, воруйте, вы неприкосновенны! договор ведь на 3 года!
(шутка, если что)

если же речь про ученический договор с условием отработки 3 года, работник при увольнении должен вернуть стоимость обучения согласно условиям договора.