Можно ли выплатить сотруднику компенсацию за отпуск не при увольнении, а по истечению года допустим..

Можно, не не все организации на это идут. У нас, например, никакой компенсации за отпуск не предусмотрено, только оплачиваемый отпуск, при чём отправляют в срочном порядке, если обнаруживается, что долго не был. А при увольнении, соответственно, компенсация за оставшиеся не отгуленными дни.