Если сотрудник пришел работать в сентябре, будет ли отпуск за этот год ?

А вы тк рф не пробовали почитать? не "привязывается" никогда отпуск к календарному году. очередной оплачиваемый отпуск 28 к. д. предоставляется за рабочий год и в рабочем году, право на отпуск за первый рабочий год возникает у работника после 6 месяцев работы. т. е. если сотрудник, например, принят на работу 1 сентября 2020 года, то право на отпуск 28 к. д. у него возникнет после с 1 марта 2021 года. и предоставить ему этот отпуск обязаны до окончания текущего рабочего года, т. е. до 1 сентября 2021 года.
вот и учитываете это при составлении графика отпусков. можете запланировать ему отпуск 28 к. д., например, на март 2021 года.
предоставлять отпуск в текущем календарном 2020 году работнику принятому в сентябре не обязаны, за исключением некоторых случаев, установленных тк рф.