Может ли устав зао противоречить трудовому договору?

Нет, не должен. "все работодатели (физические лица и юридические лица, независимо от их организационно-правовых форм и форм собственности) в трудовых отношениях и иных непосредственно связанных с ними отношениях с работниками обязаны руководствоваться положениями трудового законодательства и иных актов, содержащих нормы трудового права ( ч. 3 ст. 11 тк рф) "; "работодатель обязан:
соблюдать трудовое законодательство и иные нормативные правовые акты, содержащие нормы трудового права, локальные нормативные акты, условия коллективного договора, соглашений и трудовых договоров... ( п. 2 ч. 2 ст. 22 тк рф) ".