Может ли приказ (распоряжение) о прекращении трудового договора иметь основаниями 2 акта и докладную записку?

Если ваше отсутствие укладывается в установленные законодательством временные интервалы - то да. акты на разные даты? или речь об одном событии? вам есть один выход: предоставить объяснительную с доказательством причин вашего отсутствия на рабочем месте. если руководство не затребовало от вас объяснительную - это для вас зыбкий шанс оспорить действие руководства.