Что делать когда беременная сотрудница перестает работать должным образом , прогуливает ,ничего не делает?

Ставить прогулы, составлять акты и оплачивать только отработанное время (согласно табелю рабочего времени), что вы еще можете делать. Оплачивать прогулы Вы все равно не обязаны. Подсунуть ей один такой акт на подпись, может, поймет, что с ее беременностью предприятие не превратилось в благотворительный фонд, выплачивающий деньги за один факт существования, а по-прежнему платит только за выполненную работу. (А если она откажется подписывать, составить акт об отказе подписывать, так что подпись работника не очень нужна при наличии акта об отказе).