Начальник за проступок снижает надбавку за сложность, имеет ли он право наказать дисциплинарно за тот же проступок?

Вполне может. В силу ст. 192 ТК РФ установлены дисциплинарные взыскания за совершение дисциплинарного проступка, то есть за неисполнение или ненадлежащее исполнение работником по его вине возложенных на него трудовых обязанностей работодатель имеет право применить следующие дисциплинарные взыскания: 1) замечание; 2) выговор; 3) увольнение по соответствующим основаниям. В соответствии с ч. 5 ст. 193 ТК РФ за каждый дисциплинарный проступок может быть применено только одно дисциплинарное взыскание. Следовательно, применив один вид дисциплинарного взыскания, работодатель не имеет права применить за тот же проступок другой вид дисциплинарного взыскания в качестве дисциплинарного взыскания, например, увольнение. В Вашей ситуации снижение надбавки за сложность не является дисциплинарным взысканием.