Продлевать ли очередной ежегодный отпуск, если в это время сотрудник был в учебном

Да, является. у работника есть законное право как на учебный отпуск, так и на ежегодный. один отпуск другим заменить нельзя. так, что продлить очередной отпуск работнику придется, ну или перенести его на другое время, если он согласится