Обязан ли работодатель ставить печать на направлении на медкомиссию?

Вообще-то нужно. Но здесь главное - пройти медкомиссию (печать нужна не вам, а докторам, они же могут закрыть на нее глаза). И получить драгоценную мед справку с печатью медкомиссии о годности к работе, которую и предоставить туда, где брали направление. Если это достигнуто, то вопрос отпадет сам собой.