Я была на сессии, мне оплатили её,как обычный отпуск.

Совершенно не прав. Учебный отпуск - совершенно самостоятельный вид отпусков, предоставляется получающим первое высшее образование. Причем предоставляется обязательно, независимо от того, хочется это работодателю или нет, получаете Вы "подходящую" специальность или абсолютно с работой не связанную. Если учебное заведение имеет государственную аккредитацию и высшее образование, которое Вы получаете, первое - работодатель обязан предоставить учебный отпуск и оплатить его. Вам только необходимо представить справку-вызов и подтверждение того, что Вы были именно на сессии (та же справка - продолжение). Предоставление учебного отпуска не отменяет отпуск обычный, ежегодный. И не сокращает его. И тем более не означает, что ежегодный отпуск не надо оплачивать или удерживать из него оплату за учебный. Это ДВА РАЗНЫХ ОТПУСКА, ничем не связанных (как говорится: мухи отдельно, котлеты отдельно). Проблемы бухгалтера с проведением отпуска в программе Вас абсолютно не касаются Это не повод нарушать трудовой кодекс.