Имеет ли право работодатель так поступать?

Госслужба? Но не в этом дело. Вашей работнице нет никакого дела до того, что проводит работодатель - она конкретно уходит в декретный отпуск. Её должно волновать лишь то, что ей полагается по ст. ст.255, 256 ТК РФ, а с этим у неё все в порядке. И когда выйдет на работу после декрета, ей должны предоставить её работу или аналогичную, неважно в каком отделе. И еще - пусть запомнит на время оставшееся до родов, и на будущее: беременность - не болезнь, беременная - не звезда. Рабочий процесс организации в целом, в том числе и реорганизация в период её отсутствия, от неё не зависят.