Рабочий день 13 часов.Законно ли это?И как работодатель должен возмещать переработанные часы?

Если Вы работаете сменами по 13 часов, например 2/2, то никак, у Вас такое прописано в трудовом договоре. и Вы не должны перерабатывать 40 часов в неделю. а если Вы работаете каждый день по 13, тогда переработка оплачивается в соответствии с ТК РФ, либо коллективным договором (если он не противоречит закону)