Имеет ли право работодатель,после двухнедельной отработки после подачи заявления на увольнение,

Не имеет. Согласно ст. 140 ТК РФ при увольнении выплата всех сумм, причитающихся работнику от работодателя, производится в день увольнения работника. Если работник в день увольнения не работал, то соответствующие суммы должны быть выплачены не позднее следующего дня после предъявления уволенным работником требования о расчете. Работнику надо обратиться в суд с исковым заявлением о взыскании задолженности по заработной плате и процентов за нарушение работодателем установленного срока выплаты заработной платы ст.236 ТК РФ. В ст. 392 ТК РФ установлено, что работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права.