По какой причине работодатель не выдаёт трудовой договор(второй экземпляр) на руки,я имею виду секретность ?

При чем тут секретность? Это совершенно разные нормы права! Секретность регулируется определенными нормативными правовыми актами, не влияя на заключение трудового договора, который регулируется нормами Трудового кодекса РФ. И в ТК РФ НИЧЕГО не сказано о том, что можно не выдавать трудовой договор по причинам секретности. Кстати, Вы это сами додумали или работодатель Вам так сказал? Если работодатель - Вас откровенно обманывают. Если Вы - зачем придумывать?