13.06.16 выходной для всех за 12.06.16.как он считается в отпуске?

Отпуск предоставляется в календарных днях (ч. 1 ст. 120 тк рф), в число которых включаются и выходные дни, а праздничные дни - нет (ст. 112, ч. 1 ст. 120 тк рф).
т. е. 12.06 - не включается, а 13.06 - считаете как отпуск.