У мамы-ординатора будет сокращенный учебный день и перерывы для кормления?

Если вы работаете в ординатуре по трудовой книжке, то на вас распространяется трудовой кодекс.
если нет - тогда не распространяется.
в соответствии с ч. 1 ст. 258 тк рф работающим женщинам, имеющим детей в возрасте до полутора лет, предоставляются помимо перерыва для отдыха и питания дополнительные перерывы для кормления ребенка (детей) не реже чем через каждые три часа непрерывной работы продолжительностью не менее 30 минут каждый. при наличии у работающей женщины двух и более детей в возрасте до полутора лет продолжительность перерыва для кормления устанавливается не менее одного часа.
по закону, вы имеете право как минимум на два перерыва, если работаете 8 часов в день.
в ст. 258 тк рф речь идет о том, что перерывы предоставляются каждые три часа, т. е. считается именно астрономическое, а не рабочее время. речь не идет о трех часах непрерывной работы.
например, если во второй трехчасовой промежуток времени попадает
обеденный перерыв продолжительностью один час, то трехчасовой промежуток не может увеличиваться и равняться 4 астрономическим часам за счет обеда.
почитайте здесь подробно написано http://www.7ya.ru/article/semya-i-rabota-trudovye-prava-beremennyh-zhenwin-i-rabotayuwih-roditelej-chast-3/