Кто знает законный способ как уволить работника совершившего недостачу, не выходящую на работу, и при этом беременную.

Она должна была соответственно оформить декретный отпуск. если не оформила, можете по ст. 81 трудового кодекса рф. но, чисто из уважения к ее положению, вежливо попросите написать ее, по собственному желанию.