Работник не отработал года для положенного отпуска, организация предоставила ему отпуск в полном объеме.

Во-первых, отпуск ему уже положен через полгода, а не год, после начала работы, включая испытательный срок (если он был). Из выходного пособия ничего не удерживается, удерживается из зарплаты и то в случае, если он отгулял отпуск в счет расчетного периода за год, в который не работал. Но это знает бухгалтерия, там известен его расчетный отпускной период, они и высчитывают, перекрыл он эти дни, уложился полностью в отпускной период или с него имеют право удержать из зарплаты при увольнении.