Рассчитали без больничного листа.

Перерасчет произведут очень просто: зарплату "минусуют", пособие по больничному - начислят, если получится долг за работником, то этот долг так у них и будет "висеть" 3 года, а потом его спишут.
если по их табелю вы "работали", то переплата - это ошибка работодателя и по суду они вряд ли что-то смогут взыскать, глупость работодателя - это не счетная ошибка и не ваша вина.
максимум, могут позвонить и вежливо попросить вернуть излишне выплаченное, а вы их можете вежливо послать ...в суд, будет решение суда - будет возврат, а без решения суда вы ничего никому не должны.
банк же тут вообще ни при чем, никакого "минусового баланса" из-за глупости работодателя не будет. ваши взаиморасчеты с работодателем банк ни с какой стороны не касаются