Оплата, за совмещения начальника, освобождённая от работы?

Это не совмещение. (совмещение- выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня (наряду с работой, определенной трудовым договором, дополнительной работы по другой или такой же профессии (должности) за дополнительную оплату (ст. 151 тк рф).
в вашем случае, это временный перевод на должность начальника. оплата согласно штатного расписания.