О выплатах при ликвидации

Работница 27.01.2015 года получил уведомление о ликвидации учреждения. в связи с чем, последний рабочий день – 27.03.2015. а с 03.03.2015 года – у неё больничный по беременности и родам. работодатель в её отношении не против применить ч. 3 ст. 180 тк рф, то есть выплатить ей дополнительную компенсацию пропорционально сроку, оставшемуся до увольнения. бухгалтер возражает, мотивируя тем, что период с 3 по 27 марта будет оплачен дважды: и как дополнительная компенсация, и как пособие по больничному. вопрос заключается в следующем: как произвести оплату, чтобы не ущемить права работника, и в то же время не навлечь на работодателя и бухгалтера неприятностей в виде акт контрольно-ревизионного управления о незаконном расходовании бюджетных средств?