Если работать на основной работе и по совместительству, как считается трудовой стаж и выслуга лет при работе в В/Части?

Работа в войсковой части (по вольному найму на основе трудового договора) ничем не отличается от работы в других организациях (некоторые незначительные особенности есть в ст. 349 ТК РФ, но на стаж они не влияют). Трудовой стаж будет исчисляться по месту основной работы, т.е. там, где у вас находится трудовая книжка. А работа по совместительству на трудовой (страховой) стаж не влияет - будут только увеличены накопления на страховую часть пенсии.