Рабочий в течение 3 дней не выходил на работу (26-30 мая) . 3го июня его уволили. по соглашению сторон. и сделали приказ

Я правильно понял, что вы хотите премию за заслуги прошлого периода удержать за прогул из зарплаты? в таком случае вам надо иметь положение о премировании, которое дает право за текущие поступки лишать прошлых премий, а не будущих, и с которым был ознакомлен работник. иначе ваши действия могут быть оспорены в суде, как незаконное удержание зарплаты, поскольку дисциплинарное взыскание по трудовому кодексу такого наказания как лишение выплаченной премии не предусматривает