Возможно ли совмещение должностей между филиалами одного юридического лица?

Конечно же нет. Совмещение и совместительство два разных понятия. Совместительство это выполнение дополнительной работы в рамках одного трудового договора и в течений продолжительности рабочего дня ( ст. 60.2 ТК РФ). Что физически и юридически не возможно в вашей ситуации. Поэтому работник может работать в филиале, как совместитель, при этом заключается отдельный трудовой договор и работать он может в свободное от основной работы время.