Человек отучился за счет компании и уволился. Может фирма вычесть из з/п стоимость обучения и те дни, когда он учился?

Если с человеком не заключали договор, по которому он обязуется возместить расходы компании на его обучение в случае внезапного увольнения (или что он должен отработать в компании, например, год после обучения, а в противном случае - возмещает пропорционально не отработанному времени) то удержать из зарплаты нельзя, так как нет основания. Когда Вы его обучали, скорее всего это являлось производственной необходимостью и учитывалось в расходах