Имеет ли право исполнительный директор внести изменения в соглашение к трудовому дог-у,понизив тем самым процент зарплаты

Соглашение - это не приказ, оно двустороннее, т.е. работник его подписать должен. Если подписал - имеют право изменить оплату и прочие условия трудового договора, это уже не будет изменением в одностороннем порядке