Здравствуйте, я писала заявление за свой счёт на три дня, в приказе не расписывалась. но вышла на работу,

Возможно эти дни уже провели и отчётность сдали, а поэтому теперь, чтобы это провести просят новое заявление. ваше не ознакомление с приказом, не делает его автоматически не действительным.
хотя заявление отменить отпуск за свой счёт, тоже из области маразма. поскольку механизма его отмены нет, т. к. ни отказ, ни отзыв из него не предусмотрены. имели полное право вас не допускать до работы.
обычно в таких случаях, если есть возможность, тихо рвут и всё. тут скорее всего, приказ зарегистрирован к тому же и просто так его отменить нельзя.
так что лучше напишете чего они хотят.