В чем разница между приказом по цеху и приказом по заводу?

Вообще-то "приказа по цеху" быть не может (не должно). Приказы уполномочен издавать ТОЛЬКО РУКОВОДИТЕЛЬ ОРГАНИЗАЦИИ, как представитель юридического лица. Все остальные руководители, от заместителя руководителя организации и ниже, могут издавать только РАСПОРЯЖЕНИЯ по кругу своих полномочий. Так что приказа по цеху быть не должно, а должно быть распоряжение по цеху, изданное начальником цеха. Впрочем, может быть и приказ, касающийся данного цеха, но в этом случае его издаёт не начальник цеха, а директор завода.