Должна ли организация в которой я работаю по срочному договору на время декретного отпуска

Нет, не должна. Увольнение беременной женщины в соответствии с ч. 3 ст. 261 допускается в связи с истечением срока трудового договора в период ее беременности, если трудовой договор был заключен на время исполнения обязанностей отсутствующего работника и невозможно с письменного согласия женщины перевести ее до окончания беременности на другую работу (как на вакантную должность или работу, соответствующую квалификации женщины, так и на вакантную нижестоящую должность или нижеоплачиваемую работу), которую женщина может выполнять с учетом ее состояния здоровья. При этом работодатель обязан предлагать ей все отвечающие указанным требованиям вакансии, имеющиеся у него в данной местности.