Как быть если я по причине болезни не мог быть уволен в день который в заявление на увольнения?

Либо письменно заявляете об этом работодателю об изменении даты увольнения, т.е. на день выхода на работу после болезни. либо подаете в суд о восстановлении на работе, т.е. можете быть восстановлены по решению суда на работе и получить заработную плату (из расчета среднемесячного заработка) за все дни вынужденного прогула.