Покинула рабочее место на 5 минут раньше, имеет ли право начальник наказать материально.

Вы получаете оклад? Тогда Вы получаете зарплату за отработанное время, следовательно, при вашем уходе работодатель вправе уменьшить вам оклад на эти 5 минут. Более того, даже если Вы сдельщик, то работодатель вас вправе наказать за нарушение трудовой дисциплины - вы же расписывались, что ознакомлены с правилами трудового распорядка, где четко обозначено начало вашей работы и ее окончание. Отсюда может полететь ваша премия.