После увольнения по соглашению сторон может ли работодатель предъявить иск о возмещении материального ущерба

Может. Работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба(ст.392 ТК РФ).