Имеет ли право руководство штрафовать за недостачу ? Если она погашена.

Однозначно нет. Система штрафов для работников запрещена,т.к. такого понятия как штраф в ТК РФ нет. ТК РФ дает право работодателю материально наказать работника только в рамках системы премирования.Работодатели не отнесены законодательством к числу лиц наделенных правом применять штраф. Если вас оштрафовал работодатель, то необходимо обратиться в инспекцию по труду или прокуратуру и обжаловать незаконные действия и потребовать привлечения работодателя к административной ответственности за нарушение ТК РФ.