Как быть ип, если его работник сам стал ип, и ведет собственную комм. деят.-сть.как уволить, или как платить налоги ?

Уволить его можно по общим основаниям ТК РФ, ИП может одновременно работать по трудовому договору и вести предпринимательскую деятельность. Налоги Вы платите такие же как и раньше, то есть Вы отчисляете 13 % с его зарплаты как и раньше. а за предпринимательскую деятельность он сам платит налоги, Вас это не должно интересовать.