Начальники часто заставляют делать работу не по должностной инструкции. как быть?

Не врите-ка, что в прокуратуру писали. прокуратура такими вещами не занимается. да и про гит - сомневаюсь. если писали жалобу в гит (не анонимную), то у вас бы по вашей жалобе была проверка документарная на предприятии. и скорее бы всего вы после этого тут уже не работали.