Может ли у директора муниципальной школы секретарём быть жена?

Может. Запрет на совместную работу родственников в подчинении друг друга введен только для госслужащих, согласно ФЗ от 27.07.04. № 79-ФЗ "О государственной гражданской службе РФ". Для других категорий работников действующий в настоящее время ТК РФ не содержит каких-либо ограничений по совместной работе родственников на одном предприятии ( учреждении). До вступления в силу ТК РФ (1 февраля 2002 года) подобные ограничения имели место. Запрещалась совместная служба на одном и том же государственном или муниципальном предприятии, в учреждении, организации лиц, состоящих между собой в близком родстве или свойстве (родители, супруги, братья, сестры, сыновья, дочери, а также братья, сестры, родители и дети супругов), если их служба связана с непосредственной подчиненностью или подконтрольностью одного из них другому.