Ухожу в отпуск с 3 июня, сессия 26 июня) нужно ли мне брать справку-вызов чтобы оплатили сессию, или без смысла?

Находиться в двух отпусках одновременно невозможно.
в вашем случае можно по договорённости с работодателем прервать ежегодный отпуск и уйти по справке-вызову в учебный, а остаток от ежегодного отпуска перенести на позднее время.