Обязаны ли работники выполнять распоряжение учредителя вместо приказа начальника учреждения?

Формально вы не должны выполнять распоряжений учредителя, хоть неповиновение может вам плохо откликнуться. но в данную ситуацию можно трактовать и так, что вы получили распоряжения от начальника, если он хотя бы устно сказал вам выполнять это распоряжение.