Может ли работодатель поставить прогул за день после ночной смены

А вы в ночную смену, в свой выходной, как работали? с вашего письменного согласия и на основании приказа? вообще-то, когда работник в свой выходной за кого-то работает, то это никак не отменяет его обязанности работать и по собственному графику. за "того парня" вы поработали, а в вашу смену вместо вас кто будет работать? но, поскольку график у час сменный день-ночь, то работодатель должен его как-то "перекраивать" так, чтобы работники из ночи в день сразу не выходили, потому что так работать нельзя.
а если вы неофициально вышли не в свою смену, без всякого приказа, то работодатель прав, в этом случае его не волнует, что вы делаете в свои выходные, а на работу по графику вы выйти обязаны.