Что делать если запись внесена дважды в трудовую книжку?

Согласно п. 30 правил зачеркивание неточных или неправильных записей не допускается. изменение записей производится путем признания их недействительными и внесения правильных записей.
в вашем случае, соблюдая нумерацию, делается запись: вторая (либо "повторная") запись под номером 6 недействительна как внесенная ошибочно.