Работодатель не увольняет из-за недостачи.

Подали заявление на увольнение
через 14 дней вы - свободны
и никто ни по какой причине не вправе вас задерживать
факт недостачи не влияет на увольнение

из статьи 232 трудового кодекса рф следует, что расторжение трудового договора не освобождает работника от материальной ответственности за вред, причиненный предприятию (то есть даже после увольнения он обязан полностью погасить свои долги), взыскать сумму долга можно при наличии подтверждающих сумму ущерба документов (результаты инвентаризации при смене материально ответственного лица, письменные пояснения работника о причинах недостачи). кроме того необходим подписанный договор с материально-ответственным лицом и документы подтверждающие передачу материалов этому лицу.

если работодатель решит взыскать с вас недостачу -

он может это сделать после увольнение через суд
- взыскание задолженности с уволенного работника в судебном порядке (статья 248 трудового кодекса рф);

или забудет недостачу
- прощение долга (статья 240 трудового кодекса рф).
согласно статье 240 трудового кодекса рф работодатель имеет полное право с учетом конкретных обстоятельств, при которых был причинен ущерб, полностью или частично отказаться от его взыскания с виновного работника.