Мы с напарницей работаем в одну смену .сейчас она в отпуске .мне на время ее отпуска дали всего 50% от оклада .

Известная проблема гос учереждений.
по тк рф совместительство можно оформить только на 0,5 ставки. это и является основным аргументом руководителей при беседах с сотрудниками. часто это бывает связано с тем, что вторые полставки оформляют на кого-то еще.
вам надо ориентироваться на статью 60.2 тк рф. она полностью соответствует вашему случаю - посмотрите ее внимательно.