Имеет ли право начальник подразделения, делать копии расчетных листов работников...так сказать для себя.

По закону - не имеет такого права, а если "по понятиям" - то да..
это можно сказать - для служебного пользования.
это не "секретно", а с грифом "дсп".
если начальник хороший - он может увидеть, кому он платит слишком много, а кому не доплачивает.
особенно это касается бюджетников, где оклад и заработок - существенно различаются из-за премий.