У мужа отпуск 45 дней, вредность и т.д. в этом году дают 36 дней, мотивируя тем, что было много больничных. так можно?

Так не только можно, но и нужно. больничные не влияют на продолжительность "стандартного" отпуска 28 к.д., а на доп. отпуск очень даже влияет. ст.121 ТК РФ:"В стаж работы, дающий право на ежегодные дополнительные оплачиваемые отпуска за работу с вредными и (или) опасными условиями труда, включается только ФАКТИЧЕСКИ отработанное в соответствующих условиях время." Был на больничном, т.е. во вредных условиях не работал и , следовательно, за это время доп.отпуск не положен.