Из-за прогулов водителя произошел простой машины, можно ли удержать из зарплаты сумму простоя?

Конечно, же нет. Все законные удержания из з/пл работника работодателем описаны в ст. 137 ТК РФ. Если работник совершил прогул, то вы имеете право привлечь его к дисциплинарной ответственности в виде замечания, выговора, увольнения (ст. 192 ТК РФ), при этом при применении дисциплинарного взыскания за совершенный дисциплинарный проступок, вы должны следовать в строгом соответствии со ст. 193 ТК РФ.